В 1982 году Центр был награждён Орденом Дружбы народов.

Начальниками Центра в этот период были:

- генерал-майор авиации Герой Советского Союза Николай Фёдорович Кузнецов (1963-1972 годы),

- генерал-лейтенант авиации дважды Герой Советского Союза Георгий Тимофеевич Береговой (1972-1987 годы),

- генерал-лейтенант авиации дважды Герой Советского Союза Владимир Александрович Шаталов (1987-1991 годы),

- генерал-лейтенант авиации дважды Герой Советского Союза Пётр Ильич Климук (1991-2003 годы).

С 1995 статус Центра подготовки космонавтов вновь изменился.

В целях повышения эффективности использования научно-технического потенциала Российской Федерации в области пилотируемых космических полётов и подготовки космонавтов для обеспечения выполнения Федеральной космической программы и международных обязательств России, Постановлением Правительства Российской Федерации от 15 мая 1995 года № 478 на базе 1-го Научно-исследовательского испытательного центра подготовки космонавтов имени Гагарина и 70-го отдельного испытательно - тренировочного авиационного полка особого назначения имени Серёгина создан Российский государственный научно-исследовательский испытательный центр подготовки космонавтов имени Юрия Алексеевича Гагарина (далее – РГНИИЦПК).

Центр находился в ведении Министерства обороны Российской Федерации и Российского космического агентства.

Положение о РГНИИЦПК утверждено Постановлением Правительства Российской Федерации от 3 августа 1996 года № 918.

В этот период РГНИИЦПК продолжал подготовку космонавтов по программе орбитального комплекса «Мир».

Ежегодно в среднем проходили подготовку 12 экипажей основных экспедиций.

Кроме того, совместно с НАСА (США) выполнялись космические программы «Мир-НАСА», «Мир-Шатлл».

Развивалось сотрудничество с европейскими странами, космонавты которых проходили подготовку и осуществляли космические полеты на орбитальную станцию «Мир».

С 1996 года начала складываться основная кооперация стран-участников создания Международной космической станции (далее – МКС), которая вначале получила название «Альфа».

В рамках этой программы РГНИИЦПК отводилась ведущая роль в подготовке международных экипажей для осуществления полётов по развёртыванию и эксплуатации МКС.

Первый международный экипаж по программе основной экспедиции МКС-1 в составе Вилльяма Шепперда (США), Юрия Павловича Гидзенко и Сергея Константиновича Крикалёва (оба из России) стартовал 31 октября 2000 года.

Одновременно в Центре модернизируется имеющаяся и создаётся новая тренажная база для подготовки экипажей МКС – специализированные и комплексные тренажёры, стенды, учебные классы.

Начальниками Центра в этот период были:

- генерал-полковник, дважды Герой Советского Союза Пётр Ильич Климук,

- генерал-лейтенант, Герой России Василий Васильевич Циблиев.

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 1 октября 2008 года № 1435-р в ведении Федерального космического агентства было создано Федеральное государственное бюджетное учреждение (ФГБУ) «Научно-исследовательский испытательный центр подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина» и с 1 июля 2009 года ликвидирован РГНИИЦПК.