Система управления лунного модуля не была рассчитана на управление угловыми координатами с пристыкованными командным и служебным модулями.

Центр тяжести такой связки находился далеко от расчётного положения.

Отработанные пилотами на тренажёрах навыки стали малополезными, связка кораблей вела себя крайне непривычным образом: так, на отданную Ловеллом команду на изменение тангажа она отреагировала отклонением по рысканию - ему пришлось заново учиться управлять кораблём.

Третья ступень ракеты-носителя «Сатурн-5» участвовала в «сейсмическом эксперименте».

Частоты передатчиков телеметрии этой ступени совпадали с частотами приёмопередатчиков «Водолея».

При разработке это не вызывало беспокойства, поскольку при штатном развитии событий третья ступень предусмотренно разбивалась о поверхность Луны задолго до включения электропитания лунного модуля.

Однако в данном случае передатчики третьей ступени работали одновременно с передатчиками лунного модуля, создавая помехи, которые затрудняли общение экипажа с Хьюстоном.

По распоряжению руководства NASA, был включён в работу американский радиотелескоп, расположенный в Паркса (Австралия).

Движение «Аполлона-13» сопровождалось очень слабым, но постоянным уходом с баллистической траектории.

Инженеры Хьюстона никак не могли понять причину этого дрейфа.

Сначала причиной дрейфа считали продолжающуюся утечку газов из разрушенного служебного модуля.

Однако, когда стало ясно, что дрейф продолжается, хотя все ёмкости служебного модуля заведомо пусты или надёжно перекрыты, стали искать другую причину.

Этот дрейф послужил причиной четвёртой коррекции.

Первая коррекция, совершённая ещё до происшествия, перевела «Аполлон-13» на гибридную траекторию, не обеспечивавшую возврата к Земле без дополнительных действий.

Чтобы вернуть корабль на траекторию свободного возврата, было достаточно увеличить его скорость всего на 16 футов в секунду (4,88 м/с).

Действуя по инструкциям из Центра управления полётом, астронавты привели в развёрнутое положение опоры посадочной ступени, освобождая сопло её двигателя.

Затем, в 08:42:43 14 апреля (61:29:43 полётного времени) на 7,5 секунд включились маневровые двигатели «Водолея» для осаждения топлива в его баках, после чего маршевый двигатель был запущен на 10 % тяги.

Через 5 секунд Ловелл поднял тягу до 40 %, а ещё через 25 секунд компьютер произвёл его отключение в соответствии с заданной программой.

Манёвр оказался выполненным безукоризненно: поправка, которая обычно вносилась двигателями малой тяги, не потребовалась.

При штатном развитии событий двигатель посадочной ступени лунного модуля должен был включаться несколько раз - для сведения лунного модуля с орбиты, для маневрирования во время спуска и для гашения вертикальной и/или горизонтальной скорости непосредственно перед прилунением.

Однако из-за особенностей конструкции топливной системы, двигатель мог быть повторно запущен только на протяжении некоторого времени (порядка 50-55 часов) с момента первого запуска.

Компоненты самовоспламеняющегося топлива подавались в камеру сгорания в результате наддува баков гелием.

Гелий хранился в сжиженном виде при температуре −452 °F (−268.9 °C) и давлении 80 фунтов на квадратный дюйм.

Перед первым запуском двигателя гелий подогревался и превращался в газ.

После газификации гелия давление в баках продолжало расти.

Для предотвращения их разрыва топливная система была снабжена клапаном со специально рассчитанной разрывной диафрагмой.

По достижении давления в 1800 фунтов на квадратный дюйм гелий прорывал диафрагму и улетучивался в космос, что делало дальнейший запуск двигателя посадочной ступени невозможным.

При штатном развитии событий к этому моменту посадочная ступень уже должна была находиться на Луне.

Согласно расчётам, основанным на данных с датчиков давления гелия, прорыва диафрагмы следовало ожидать примерно на 105‑м часу полётного времени.

Вначале Центр управления полётом планировал третий сценарий спасения.

По этому сценарию посадка ожидалась в Индийском океане, около острова Мадагаскар, где не было поисково-спасательных средств США (5 кораблей и 47 самолётов, выделенных для спасения астронавтов, были сосредоточены только в Тихом океане).