Сходство в ДНК других Lactococcus-фаги

Последовательности сравнение P482, sk1 и bIL170, 3 Lactococcus -фаги из вида 936,

их геном был sequenced в комплекте, позволяет разделять в и выше

ниже залуживал области. Переходы из этих областей соответствуют точно обычно

с кодирующим областям ORFs. Подобное было и для L. lactis ssp. lactis и

cremoris установлено: в консервированных местах составлять различия на

Аминокислоты уровне максимум 10-20%, в противном случае 35-65% (Delorme et al., 1994).

При сравнении ранних фаги регионы (рис. 26) показывает на ORFs 23, 24, 28, 29,

30, 33, 38, 39, 40, 43, 44, 46 и 51 идентичность аминокислотных уровне между 80 и

100%. Также расположение этих генов в фаги P482, sk1 и bIL170 идентичны. В

генах ORFs 25, 36, 41, 42 и 45 средний уровень сохраненная viertheit отражается

40-80% против. Последовательности ORF 27, 34 и 37 приходят в подобной форме только в

bIL170, но не в sk1. ORF 26 и ORF 49 имеют высокое Сходство с ORF

E30 и Е2 от bIL170, но только небольшое Сходство ORF ORF 24 и 49 из sk1

на. Которые P482 конкретных ORFs 31, 32, 35, 47, 48 и 50 смогли ни в одном из двух

другие фаги быть идентифицированы. В отличие от этого, как sk1, а также содержат

bIL170 ORFs, которые содержатся только в этом фаги (sk1 ORFs 28, 29, 36, 37, 40, 44,

45, 47, 48, 49 или bIL170 ORFs E37, E36, E35, E34, E27, E26, E25, E22, E21, E20, E11,

E8, E4, E3).

В отличие от регионов раннем фаги гены, в которых фаги P482, sk1

и bIL170 значительно отличаются, являются регионы среднего и позднего

Фаги транскриптов во всех 3 фаги очень сохранились (рис. 27). 9 генов мудрецов 95 до 100%

Идентичность аминокислотной последовательности (ORF 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 14, 15). У других

ORFs быть достигнуто сходство Последовательности от 75 - 95%. Относительное расположение

отдельные ORFs остается во всех фаги. Только в sk1 ORF 11 отсутствует. Из P482

специфические ORF 13 не найдете ни в одном другом фаги.

Page 93

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

18.0

19.0

20.0

ch

iregion

-35

.0

.0

.0

.0

25.0

26.0

27.0

28.0

.0

КБ

E3

E3

E3

E32

E3

E3

Е2

Е2

E27

Е2

E23

Е2

E21

E19

Е1

Е1

Е1

Е1

Е1

Е1

Е1

E9

E8

E6

E5

E3

Е2

Е1

E25

Alignm

en

T ru

R начале Pha

г

Engene

-8

00-9

80-7

70-60

-5

-9

В

ru

ntitä

T ru

R A

м

в

o

s

ä

u

re

в

V

e

РГ

ле

ic

H z

u

P

%

O

p

en

Re

ad

в

г

F

Ram

e

OR

F-B

e

z

e

я

n

u

n

г

P48

sk

BIL

18.0

19.0

20.0

.0

.0

17.0

18.0

9.0

20.0

21.0

.0

.0

.0

.0

23.0

.0

25.0

КБ

25.0

6.0

.0

.0

.0

.0

КБ

50-4

40-30

< 3

P4

sp

e

z

O

R

F

K

b

ko

n

Tin

u

Ierlic

ч

Это

Alig

n

м

en

т

Е1

Е2

E7

Е4

Е2

E3

E3

Е1

Рис. 26. "Early регионе" фаги P482, sk1 и bIL170.

Page 94

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Рис. 27. Расположение средних и поздних генов фаги P482, sk1 и bIL170.

0.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

10.0

11.0

12.0

13.0

14.0

15.0

16.0

17.0

КБ

L1

L2

L3

L4

L5

L6

L7

L8

L9

L10

L

L1

L13

L14

L1

L1

L17

L1

L1

L2

L2

L

7 8 9

A

Lign

м

en

T d

e

R m

Ittleren u

n

d

Конце РН

АЖЕН

Ген

e

.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

.0

10.0

11.0

12.0

13.0

14.0

.0

16.0

17.0

.0

k

b

co

s

co

s

co

s

0.0

.0

.0

.0

4.0

.0

6.0

.0

8.0

.0

10.0

11.0

12.0

13.0

14.0

15.0

КБ

M1

М2

М3

М4

co

s

co

s

29.0

30.0

31.0

.0

27.0

8.0

co

s

31.0

30.0

95-90

100-9

90-85

85-80

80-75

0-9

В

d

e

n

titä

T d

e

R A

м

в

os

ä

u

re

в

V

e

РГ

ле

ic

ч

z

u

P

%

O

p

En Read

в

Г Фра

м

e

O

R

F

-Б

e

z

e

ic

hn

ООН

г

P

Spe

z

O

R

F

КБ

ko

Ntin

Uierlic

ч

Это

Alig

Nmen

т

P482

P48

sk

sk

b

IL1

b

IL1

Page 95

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

3.5.4. Анализ P482 специфических "Open Reading Frames"

ORF 11 приходит, кроме P482 и у Lactococcus -фаги bIL170 и bIL41 936

Вида, и Tuc2001, r1t и TP901-1, которые принадлежат P335-вид, Сходство с

от 70 до 79% на общую длину Протеина (табл. 25). Снижение

Последовательность сходства на 200 AS длинного фрагмента указывают на родство

с Streptococcus -фаги. Два Streptococcus thermophilus -фаги и Sfi21

Sfi19 показать в своих ORFs 1276 1291 или даже более высокие Homo психологии как Lactococcus -

Фаги phi67 и BK5-T. Из последовательности сходство может быть только тяжелая функция

Протеина вывести. Возможные структуры протеина фаги бы, при строительстве

Фаги хвоста участвует.

Организм

ORF-обозначение

% Сходство

Предсказанная функция

Л. л. фага bIL170

L12

неизвестно

Л. л. фага Tuc2009

ORF56

"

Л. л. фага r1t

ORF 47

"

Л. л. фага TP901-1

ORF 51

Воротник протеин

Л. л. фага phi41

L12

неизвестно

Л. л. фага с2

L15

маленькая структура белка

Str. therm. Фаговая Sfi21

ORF 1276

40% на 200 AS

Протеин f. d. специфичность Хозяина

Str. therm. Фаговая Sfi19

ORF 1291

39% на 200 AS

Протеин f. d. специфичность Хозяина

Л. л. фага phi67

ORF 35

39% на 160 AS

неизвестно

Л. л. фага BK5-т

ORF 1904

28% на 200 AS

Протеин f. d. специфичность Хозяина

Str. therm. Фаговая Sfi11

ORF 695

27% на 200 AS

Анти-Рецептор

Tab. 25. Белковых последовательностей Сходства с ORF 11.

При сравнение последовательности ORF 13 с базой данных только небольшое Сходство, чтобы быть

BK5-T, Streptococcus -фаги Sfi11, Sfi19 и Sfi21 или с2 списке. Как

возможная функция может участия Протеина в построении системы фаги хвоста

быть получены.

Из P482-специфические ORF 31 содержит 96% сходство Последовательности ORF 22 от r1t (Nauta et al.,

1996; van Sinderen et al., 1996) и 94% Сходства с ORF 230 от phi31.1 на (Durmaz

и Klaenhammer, 2000). Из этих двух P335-видов Lactococcus -фаги

исходящие ORFs мог быть назначен до сих пор нет функции, так что, несмотря на

большое сходство Последовательности ORF для 31 функции протеина не может быть получена. Как

Рис. 28 показывает Сходство также состоит из белков Streptococcus pyogenes MGAS8232

Page 96

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

и M1GAS (Ferretti et al., 2001; Smoot et al., 2002) и Listeria inocua (Glaser et al.,

2001). Протеины содержат между 34 и 36% идентичные и от 51 до 57%

подобные аминокислоты. Последовательности, из Streptococcus thermophilus -фаги и Sfi11

Sfi19, как известно, свидетельствует о большей идентичности последовательностей Бактерий, чем

Последовательности Lactococcus -фаги (Lucchini et al., 1998; Lucchini et al., ICRP, 1999a). Никому

из перечисленных протеинов до сих пор не удалось сопоставить функцию.

Рис. 28. Alignment в P482-специфические ORFs 31 с другими последовательностями из

Базы данных.

Для P482 конкретных ORFs 32, 35 и 48 были на ДНК или белка уровень только

небольшие сходства Последовательности записей в базах данных определены.

Которые ORFs 47 и 50 оба из Сходства к bIL170 известных белков

E11, E20 и E37. В этом фаги утроение этих схожих генов находится

прежде, локализуются также в разных Местах генома. В P482..

с ORF 37 также 3 варианта Белка с разной Сходство

bIL170-белков. В качестве возможной функцией этих протеинов может Endodeoxyribonuklease-

Активность быть таковой.

Все последовательности показывают большое Сходство с ДНК-полимеразы генов B. subtilis

Фаг phi-е и SP82 или L. lactis фаги r1t (рис. 29) (Goodrich-Blair и Shub,

1994).

Page 97

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Рис. 29. Alignment P482-белки с deoxyribo нуклеаза функции и их

ближайший аналогичных представителей.