Святослав Агафонов с эскизом реконструкции циферблата Часовой башни. 1956 год. Фото из архива ГРСНПМ

Часовая башня после реставрации.1958 год.  Заметен циферблат

На восстановленной часовой избе (в настоящее время не существует). Фото из архива ГРСНПМ

В 1958 году работы по восстановлению Часовой башни были завершены. В декабре того же года вышло Распоряжение Совета Министров РСФСР об организации Горьковского историко-архитектурного музея-заповедника, основным ядром которого стал кремль. Это активизировало его реставрацию.

Особенно тяжелые работы велись на северном участке – между Белой и Георгиевской башнями, где волжские склоны изначально подвергались оползням. Поврежденные ими Борисоглебская и Зачатьевская башни были полностью разобраны в XVIII веке при губернаторе Ребиндере. Под руководством Агафонова Борисоглебская башня к 1974 году была воссоздана на прежнем месте, при этом она служила футляром для подлинных ее фрагментов, которые были законсервированы.

       Объем проделанных работ поражает не только масштабностью и размахом, но и исторической достоверностью всех частей гигантского сооружения. Восстановленная кладка стен протяженностью два километра и башен до 30 метров высотой, заново выполненные деревянные конструкции, все формы и части Нижегородского кремля строго научно обоснованы. Благодаря Агафонову и его сотрудникам кремль поднялся из руин и стал гордостью нижегородцев.

       Осталась не восстановленной лишь Зачатьевская (Зачатская) башня, исследования которой начались в 1965 году. К 1980-м годам остатки ее были расчищены, и с этого времени вопросами изучения и реконструкции башни Агафонов занимался вместе с дочерью Ириной Святославовной, архитектором-реставратором.

В 1990 году ими был сделан совместный доклад на архитектурно-археологических чтениях в Петербурге, который так и назывался: «Тринадцатая башня Нижегородского кремля».

Руинированные останки Зачатьевской башни. 2005 г.

Фото из архива НИП «Этнос»

В 2005 году авторским коллективом научно-исследовательского предприятия «Этнос» под руководством ее главного архитектора Ирины Святославовны Агафоновой было сделано проектное предложение по реконструкции Зачатьевской башни и прилегающей территории. Проект предусматривает сохранение подлинных фрагментов башни в специальном стеклянном павильоне и возведение новой башни, облик и габариты которой полностью соответствуют реально существовавшей, включая устройство проездных ворот и подъемного моста. Восстановление башни и обустройство перед ней площади Живоносного источника призваны завершить архитектурный ансамбль Нижегородского кремля – выдающегося памятника русского зодчества и инженерно-фортификационного искусства.

В настоящее время работы по осуществлению этого проекта близки к завершению, и в День народного единства, 4 ноября 2012 года, нижегородцы и гости города смогут присутствовать на торжественном открытии экспозиции.

С.Л. Агафонов стремился не просто вернуть кремлю исторический облик, но и наполнить его новыми музейными функциями.

С этой целью в 1976–1983 годах им был разработан проект музеефикации Георгиевской башни с организацией входа со стороны памятника В.П. Чкалову. В башне предлагалось восстановить интерьеры и открыть магазин сувениров.