В части транспортной системы первоочередной задачей ставится модернизация космического корабля «Союз» и создание межорбитального буксира «Паром».

После 2015 года предполагалось создать национальный, более универсальный, нежели «Клипер», корабль, способный совершать полёты как на околоземную орбиту, так и к Луне, в том числе как часть возможного в будущем лунно-посадочного экспедиционного комплекса.

Универсальность задач и компоновка корабля схожи с разрабатываемым в США космическим кораблём нового поколения «Орион».

Был проведён второй конкурс, победители которого были объявлены 6 апреля 2009 года.

Разработка ПТК НП была поручена РКК «Энергия», ракету-носитель для него стало разрабатывать «ЦСКБ-Прогресс».

Эскизное проектирование закончили в 2010 году.

В 2011 году были показаны первые макеты нового корабля.

В 2013 году на «МАКС» были продемонстрированы полноразмерные макеты нового корабля с внутренним интерьером.

По состоянию на май 2015 года, РКК «Энергия» завершила разработку эскизного и технического проектов первого этапа и перешла к разработке рабочей документации по созданию корабля первого этапа, предназначенной для осуществления полётов за пределы низких околоземных орбит, в том числе к Луне.

В августе 2015 года был объявлен конкурс на название нового корабля, в котором принимали участие жители России завершившийся 15 января 2016 года, когда новому кораблю было присвоено имя «Федерация».

В марте 2017 года началось изготовление первого корабля.

Представители «Энергии» начали предлагать различные варианты ракет-носителей для нового корабля, включая ещё не существующие, в то же время неожиданно приняли решение подключить студентов к работам по «Федерации».

Роскосмос сообщил о том, что первым пилотом космического корабля станет робот «Фёдор».

«Федерация», как ключевой элемент российской космической инфраструктуры, создаётся для следующих задач:

· обеспечения национальной безопасности;

· технологической независимости;

· беспрепятственного доступа России в космос;

· полёта на полярную и экваториальную орбиту Луны, посадки.

«Союз» и «Федерация» в конфигурациях

Для околоземной и лунной орбит.

Для «Федерации» принято модульное построение базового корабля в виде функционально законченных элементов - возвращаемого аппарата и двигательного отсека.

Корабль будет бескрылым, с многоразовой возвращаемой частью усечённо-конической формы и одноразовым цилиндрическим агрегатно-двигательным отсеком, и будет широко использовать системы, проектировавшиеся в РКК «Энергия» для «Клипера».

Максимальный экипаж нового корабля составит 6 человек (при полётах к Луне - до 4 человек), масса доставляемого на орбиту груза - 500 кг, масса возвращаемого на Землю груза - 500 кг и более, при меньшем экипаже.

Длина корабля - 6,1 м, максимальный диаметр корпуса - 4,4 м, масса при околоземных орбитальных полётах - 12 т (при полётах на окололунную орбиту - 16,5 т), масса возвращаемой части - 4,23 т (включая системы мягкой посадки - 7,77 т),

Объём герметичного отсека - 18 м³.

Длительность автономного полёта корабля - до месяца.

Новые конструкционные материалы, основанные на алюминиевых сплавах с улучшенными прочностными характеристиками (в 2015 году от алюминиевых сплавов решено отказаться в пользу композитных материалов), и углепластики снизят массу конструкции космического корабля на 20–30 % и позволят продлить срок его эксплуатации.

Бытовые отсеки будут просто пристыковываться, в зависимости от той задачи, которая будет стоять перед «Федерацией».